车站位置不同。扬州东站位于扬州市广陵区广陵大桥东侧，东临烟花三月路、曙光路，西靠春风十里路，北邻万福东路，南邻文昌东路，扬州站位于扬州西区新城，文昌西路启扬高速扬州西出口东约1公里处。

扬州东站东西宽60米，南北长2250米，站房总建筑面积27975平方米，候车室净空高度7米，站台长650米，雨棚面积约1万余平方米，设计年旅客发送量250万人次。

扬州站包括站房、站前广场和站台三个部分，其中，站房高23.5米，东西方向长133米，南北方向宽73米，建筑面积20240.8平方米，站台雨棚覆盖面积36672平方米。

扬州东站不仅承担着重要的交通枢纽作用，也为江广融合区域的进一步发展发挥了重要辐射作用，扬州东站未来将紧密对接上海及长三角的优势人才资源，发展高新产业。